故事以大都市纽特市为舞台，在那里正在兴建为保护神奇宝贝而设立的设施神奇宝贝山庄，即将在近期完工。但是盖诺赛克特也出现在这里，他因为失去了过去的故乡，所以将所见到的一切都视作敌人进行攻击。只见他朝着在现场的小智和皮卡丘发动攻击，千钧一发之际，超梦出现保护了小智一行人。超梦认为盖诺赛克特和他一样，都是原本不应该出现在这世上的神奇宝贝，于是决定扛下盖诺赛克特的悲伤和愤怒，和他展开激烈的对峙。都是由人工制造的两个神奇宝贝之间展开了对战，这是史上最大规模的一场战斗。 ...